La desinfección por su parte consiste en eliminar la presencia de microorganismos que se encuentran en las diferentes superficies en contacto con los alimentos, de tal forma que no representen una amenaza de contaminación cruzada. El proceso de desinfección se verá afectado en función de las condiciones de aplicación de los desinfectantes químicos (tiempo de contacto, concentración, temperatura y pH), de las características de las superficies (composición química, carga superficial, hidrofobicidad y rugosidad) y del tipo de microorganismo contaminante, por esto la importancia de realizar una adecuada elección del desinfectante, basándose en el riesgo potencial que se desea controlar.

No podemos esperar que un único producto cumpla todas las funciones a la vez, ya que cada agente será más eficaz dependiendo de la suciedad. Una inadecuada selección del limpiador o del desinfectante puede conllevar a un resultado no deseado, provocando la proliferación de microorganismos y generando una contaminación a los alimentos que allí se estén procesando, por eso es importante tener en cuenta al momento de la elección el tipo y concentración del ingrediente activo, biodegradabilidad, concentración de aplicación, afinidad química con las características de suciedad a eliminar, seguridad en su aplicación, asesoría acompañada de la compra, entre otros. Todos los productos de limpieza deben estar aprobados por las autoridades sanitarias correspondientes.